La Encomienda de San Giovanni de Pré forma parte de un complejo de edificios situados en el barrio de Prè, cerca de la estación de tren de Génova Príncipe.

El núcleo del cuerpo arquitectónico está formado por dos iglesias de estilo románico, una sobre otra, de las que la superior sigue abierta al culto en la actualidad, y un edificio de dos plantas, posteriormente elevado, que sirvió de hospicio, en principio para peregrinos, soldados y comerciantes y, más tarde, para los enfermos e indigentes de la ciudad.

El inicio de la construcción se remonta a 1180, a instancias de los Caballeros de San Juan, orden caballeresca nacida en la época de las Cruzadas y conocida hoy como Orden de los Caballeros de Malta. La orden gestionaba una densa red de albergues similares por toda Europa. Aquí, en Génova, su presencia era especialmente significativa, en el lugar donde se conectaban las "rutas terrestres" (las rutas comerciales y de peregrinación que unían Europa con Génova) y las “rutas marítimas" (las rutas que unían la ciudad con todo el Mediterráneo).

Convertida en sede de cofradías a lo largo de los siglos y luego subdividida en pisos, la Encomienda recuperó su trazado original tras una importante restauración durante el siglo XX.

Entre 2009 y 2020, estos espacios albergaron el Museoteatro de la Encomienda.