La Commenda di San Giovanni di Pré fa parte di un complesso di edifici situati nel quartiere di Prè, nei pressi della stazione ferroviaria di Genova Principe.

Il nucleo del corpo architettonico  è costituito da due chiese in stile romanico, sovrapposte l'una all'altra, con la chiesa superiore ancor oggi aperta al culto, e di un edificio a due piani, successivamente rialzato, che assolveva alla funzione di ospitale, inizialmente per i pellegrini, i soldati e i mercanti e in seguito per i malati e gli indigenti della città.

L’inizio della costruzione risale al 1180, per volere dei Cavalieri di San Giovanni, un ordine cavalleresco nato al tempo delle crociate e oggi conosciuto come ordine dei Cavalieri di Malta. L’ordine gestiva una fitta rete di luoghi di accoglienza simili in tutta Europa. Qui a Genova la loro presenza era particolarmente significativa, nel luogo dove si connettevano tra loro le “vie di terra” (le strade di commercio e pellegrinaggio che uniscono l’Europa con Genova) e le “vie di mare”, le rotte che uniscono la città con l’intero Mediterraneo.

Divenuta nei secoli sede di confraternite e poi suddivisa in appartamenti, la Commenda ha ritrovato il suo primitivo assetto dopo un importante restauro nel corso del Novecento.

Tra il 2009 e il 2020 questi spazi hanno ospitato il Museoteatro della Commenda.