El 3 de diciembre de 2008, el Ministerio de Asuntos Exteriores y Cooperación Internacional creó el "Museo Nacional de la Emigración Italiana" como estructura permanente del mismo Ministerio. El nuevo museo se crea de acuerdo con el Ministerio de Cultura, con la misión de adquirir, catalogar, conservar, ordenar y exponer bienes culturales con fines educativos y de estudio de la emigración italiana.

La antigua gipsoteca del complejo monumental Vittoriano, situada en la Piazza Venezia de Roma, se estableció como sede temporal del MEI. El museo se inauguró allí en 2009 gracias a la colaboración con numerosos organismos de investigación, museos y archivos a través de préstamos de fotografías y documentos, testigos de los movimientos migratorios italianos a lo largo de las décadas.

En marzo de 2016, se clausuró la ubicación temporal del Vittoriano y se iniciaron los trámites para encontrar una sede nueva y definitiva para el Mei. En 2018, Génova y la Encomienda de San Giovanni de Prè fueron elegidas para albergar el nuevo Museo Nacional de la Emigración Italiana.

En mayo de 2022, tras cuatro años de investigación científica y más de dos de planificación y restauración, el MEI se abre al público con un itinerario en tres plantas divididas en 16 áreas a través de las cuales el visitante recorre las múltiples historias de las migraciones italianas, desde la Unificación de Italia (e incluso antes), hasta nuestros días.

El museo propone al público, en un marco historiográfico, las historias de vida de los protagonistas de la emigración: las experiencias de los individuos se proponen al visitante a través de fuentes primarias como autobiografías, diarios, cartas, fotografías, periódicos digitalizados y reelaborados gracias a estaciones multimedia, instalaciones inmersivas y reconstrucciones actorales.

El trabajo de estudio e investigación contó con la colaboración de académicos y diversas instituciones, institutos de investigación, archivos, museos y centros internacionales, así como museos que llevan años ocupándose de cuestiones de migración regional en Italia.

Fundamental fue también el aporte de las Asociaciones de ciudadanos italianos en el extranjero y de las comunidades italianas internacionales, que contribuyeron con entusiasmo a aumentar la riqueza de las historias presentadas en la exposición. Y en efecto, han hecho del museo un museo participativo, en constante evolución y enriquecimiento.