Le 3 décembre 2008, le Ministère des affaires étrangères et de la Coopération internationale a créé le «Musée national de l'émigration italienne» en tant que structure permanente du même ministère. Le nouveau musée est créé en accord avec le ministère de la culture et a pour mission d'acquérir, de cataloguer, de conserver, de classer et d'exposer des biens culturels à des fins éducatives et d'étude de l'émigration italienne.

L'ancienne gypsothèque du complexe monumental Vittoriano, situé sur la Piazza Venezia à Rome, a été établie comme siège temporaire du MEI. Le musée y a été ouvert en 2009 grâce à la collaboration avec de nombreux organismes de recherche, musées et archives par le biais de prêts de photographies et de documents, témoignant des mouvements migratoires italiens au fil des décennies.

En mars 2016, le siège temporaire du Vittoriano a été désaffecté et les procédures ont été lancées pour trouver un nouveau domicile définitif pour le MEI. En 2018, Gênes et la Commenda di San Giovanni di Prè ont été choisies pour accueillir le nouveau musée national de l'émigration italienne.

En mai 2022, après quatre ans de recherche scientifique et plus de deux ans de planification et de restauration, le MEI ouvre au public avec un itinéraire développé sur trois étages divisés en 16 zones à travers lesquelles le visiteur retrace les multiples histoires des migrations italiennes, de l'Unification de l'Italie (et même avant), à nos jours.

Le musée propose au public, dans un cadre historiographique, les récits de vie des protagonistes de l'émigration: les expériences des individus sont proposées au visiteur à travers des sources primaires telles que des autobiographies, des journaux intimes, des lettres, des photographies, des journaux numérisés et réélaborés grâce à des stations multimédia, des installations immersives et des reconstitutions d'acteurs.

Le travail d'étude et de recherche a nécessité la collaboration d'universitaires et de diverses institutions, instituts de recherche, archives, musées et centres internationaux, ainsi que des musées qui s'occupent depuis des années des questions de migration régionale en Italie.

La contribution enthousiaste des associations de citoyens italiens à l'étranger et des communautés italiennes internationales a ajouté de la richesse aux histoires présentées dans l'exposition et a également été fondamentale. Elles ont fait du musée un musée participatif, qui s'enrichit et évolue constamment.