Il 3 dicembre 2008 il Ministero degli Affari Esteri e Cooperazione Internazionale istituisce il "Museo Nazionale dell’Emigrazione Italiana", quale struttura permanente del medesimo Ministero. La realizzazione del nuovo museo è curata d'intesa con il Ministero della cultura, con il compito di acquisire, catalogare, conservare, ordinare ed esporre beni culturali per finalità di educazione e di studio dell'emigrazione italiana.

Viene stabilita, come sede provvisoria del MEI, l'ex gipsoteca del complesso monumentale del Vittoriano, sito in Piazza Venezia a Roma, dove il museo è inaugurato nel 2009 grazie alla collaborazione con numerosi enti di ricerca, musei e archivi attraverso prestiti di fotografie e documenti , testimonianza dei movimenti migratori italiani nel corso dei decenni. 

Nel marzo del 2016 la sede provvisoria del Vittoriano viene dismessa e vengono avviate le procedure per individuare la nuova e definiva sede del Mei. Nel 2018 Genova e la Commenda di San Giovanni di Prè vengono scelte per ospitare il nuovo Museo Nazionale dell'Emigrazione Italiana.

Nel maggio 2022 dopo quattro anni di ricerche scientifiche e oltre due anni di progettazione e restauri il MEI apre al pubblico con un percorso sviluppato su tre piani suddivisi in 16 aree attraverso le quali il visitatore ripercorre le molteplici storie delle migrazioni italiane, dall’Unità d’Italia (e ancora prima), alla contemporaneità.

Il Museo propone al pubblico, inquadrate all’interno di una cornice storiografica, le storie di vite dei protagonisti dell’emigrazione: le esperienze dei singoli sono proposte al visitatore attraverso fonti primarie come le autobiografie, i diari, le lettere, le fotografie, i giornali digitalizzate e rielaborate grazie a postazioni multimediali, installazioni immersive e ricostruzioni attoriali.

Il lavoro di studio e ricerca ha visto la collaborazione di studiosi e diversi enti, istituti di ricerca, archivi, musei e centri internazionali, nonché musei che in Italia da anni si occupano dei temi migratori in chiave regionale.

Fondamentale è stato inoltre l’apporto delle Associazioni di cittadini italiani all’estero e delle comunità italiane internazionali che hanno contribuito con entusiasmo ad accrescere il bagaglio di storie presentate nel percorso espositivo. E hanno reso di fatto il museo un museo partecipato, in costante evoluzione e arricchimento.